O Instituto Pato Mergulhão atua no Cerrado brasileiro, abrangendo uma área de aproximadamente 1,5 milhão de hectares. Dentro dessa área de atuação encontra-se um importante mosaico de unidades de conservação, que inclui o Parque Nacional da Chapada dos Veadeiros, a APA Pouso Alto, o Parque Estadual Águas do Paraíso, além de parques municipais e diversas Reservas Particulares do Patrimônio Natural (RPPNs). 

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Essa área mais ampla também engloba propriedades privadas, territórios da agricultura familiar e territórios e comunidades quilombolas, conectando diferentes usos da paisagem em regiões de nascentes e rios de águas limpas e bem preservadas. 

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Nesse contexto, o Instituto desenvolve ações voltadas à conservação do pato-mergulhão e de seu habitat, por meio de pesquisa científica, monitoramento ambiental, educomunicação e engajamento comunitário, promovendo a proteção dos recursos hídricos e o uso sustentável do território.